Según cuenta la historia, en el año 2000 un meteorito cayó en la Antártida, devastando gran parte del planeta. Ahora, en 2015, el mundo apenas está comenzando a reponerse cuando comienzan a atacar unos misteriosos seres, los «Ángeles». Shinji Ikari es un adolescente apático que un día recibe un llamado de su padre, Gendo, a quien no ve desde chico. Este le pide que maneje un robot gigante, la Unidad Evangelion, y pelee para salvar el mundo.